X サーバーは 2 つの設定ディレクトリをサポートします。/usr/share/X11/xorg.conf.d/ は、ベンダーやサードパーティのパッケージとは別個の設定ファイルを提供します。このディレクトリ内のファイルへの変更は、/etc/X11/xorg.conf ファイル内で指定された設定により上書きできます。/etc/X11/xorg.conf.d/ ディレクトリは、ユーザー固有の設定を格納します。

設定ディレクトリにある .conf の接尾辞が付いたファイルは、起動時に X サーバーにより解析され、従来の xorg.conf 設定ファイルの一部のように扱われます。これらのファイルにはセクションを 1 つ以上含むことができます。セクションにあるオプションの詳細や設定ファイルの一般的なレイアウトについては、「xorg.conf ファイル」 または xorg.conf(5) の man ページを参照して下さい。X サーバーは、基本的に設定ファイルの集まりを最後の xorg.conf からのエントリを含む 1 つの大きなファイルとして扱います。カスタム設定を /etc/xorg.conf に含めて、ディストリビューションにより提供される設定スニペットにディレクトリを残しておくことが、ユーザーには推奨されます。