La structure des systèmes de fichiers est le niveau le plus bas dans l'organisation d'un système d'exploitation. La manière par laquelle un système d'exploitation interagit avec ses utilisateurs, ses applications et son modèle de sécurité dépend presque toujours de la façon dont le système d'exploitation organise les fichiers sur les périphériques de stockage. Le fait de fournir une structure commune de systèmes de fichiers permet d'assurer que les utilisateurs et les programmes puissent accéder et aux fichiers et écrire dessus.

Les systèmes de fichiers divisent les fichiers en deux catégories logiques :

Les fichiers partageables peuvent être accédés localement et par des hôtes à distance ; les fichiers non-partageables sont uniquement disponibles localement. Les fichiers variables, tels que des documents, peuvent être modifiés à tout moment ; les fichiers statiques, tels que des binaires, ne peuvent pas changer sans action de la part de l'administrateur.

Cette manière de catégoriser des fichiers permet de corréler la fonction de chaque fichier avec les permissions assignées aux répertoires qui les contiennent. La manière par laquelle le système d'exploitation et ses utilisateurs interagissent avec un fichier détermine le répertoire dans lequel il sera placé, que ce répertoire soit monté avec des permissions de lecture seule ou de lecture/écriture, ainsi que le niveau d'accès au fichier de chaque utilisateur. Le niveau le plus haut de l'organisation est crucial, l'accès aux répertoires sous-jacents peut être restreint car des problèmes de sécurité pourraient surgir si les règles d'accès n'adhèrent pas à une structure rigide depuis le haut vers le bas.

Filesystem           1K-blocks      Used Available Use% Mounted on
/dev/mapper/VolGroup00-LogVol00
                       11675568   6272120   4810348  57% / /dev/sda1
	                 100691      9281     86211  10% /boot
none                     322856         0    322856   0% /dev/shm

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/VolGroup00-LogVol00
                        12G  6.0G  4.6G  57% / /dev/sda1
			99M  9.1M   85M  10% /boot 
none 			316M     0  316M   0% /dev/shm