L'inscription d'un agent JON avec ses serveurs requiert une communication bidirectionnelle entre l'agent et les serveurs. L'agent JON a besoin d'accéder au port 7080 sur tous les serveurs de JON, sauf dans le cas de SSL quand le port 7443 est utilisé. Chaque serveur de JON doit pouvoir accéder à chacun des agents connectés sur un hôte unique et son port homologue. Le port de l'agent est habituellement 16163.

S'il y a plusieurs serveurs JON clusterisés, veillez à ce que chaque agent puisse communiquer avec tous les serveurs dans le cluster JON via les paires IP et nom d'hôte comme configurés par la console d'administration du serveur JON. Le serveur JON utilisé par l'agent à enregistrer n'est sans doute pas le serveur qu'il essaie d'utiliser après l'initialisation.