Les serveurs JON et les agents JON doivent être en mesure de résoudre les noms d'hôtes des uns et des autres. La résolution DNS est plus compliquée dans le cas d'une configuration VPN. Les serveurs connectés ont plusieurs options possibles. Une des options consiste à utiliser les serveurs DNS du réseau de l'entreprise ou Amazon EC2. Une autre option est d'utiliser une configuration divisée de DNS avec les serveurs DNS de l'entreprise utilisés pour résoudre les noms dans des domaines particuliers, et les serveurs d'Amazon EC2 DNS utilisés pour la résolution de tous les autres noms.